O terceiro ponto do CMII foi precisamente estudar a problemática entre a actividade de observação de cetáceos e a respectiva capacidade de carga, que contempla a definição de áreas de operação, nesse ponto refere, "a legislação tem várias componentes que é um código de conduta, que já existia, era seguido pela maioria das empresas. Era uma espécie de guia voluntário do Museu da Baleia que foi lançado em 2004, que cria um conjunto de regras para minimizar o impacto destas embarcações junto das populações de cetáceos, mas a verdade é que como é que tem um peso menor do que a legislação, que acarreta um conjunto de penalizações. Eu diria que é muito cedo para avaliar o impacto da conversão do código de conduta para legislação, porque saiu a menos de 1 ano e não houve acompanhamento e monitorização no campo, isto tem de ser feito, isso gostaríamos de fazer, mas neste momento não há fundos, aguardámos para esse efeito. Em relação ao código de conduta, ele já era bem cumprido no geral pelas empresas, havia sempre umas excepções, mas elas portaram-se bem. A grande novidade que se estabelece é um limite para o número de embarcações a operar, que estavam a aumentar substancialmente e o resultado seria que se houvesse um maior número de empresas a operar para o mesmo número de animais, a pressão seria maior. E mesmo seguindo o código de conduta só veríamos barcos em todo o lado e então, através de uma portaria pretende-se limitar a actividade em termos de embarcações. Não define áreas claras, mas um conjunto de portos, como seja, Câmara de Lobos, Funchal, Santa Cruz e Machico, como sendo um lote e há um número máximo de barcos que podem sair deste portos e como tem de ficar na mesma área acaba-se por definir sem limitar demasiado as áreas de operação. Depois existe outra que é para a zona Sudoeste, Nordeste da Madeira e Porto Santo.
Outro aspecto importantíssimo é ter sido criada uma zona de exclusão à Norte da Madeira e que inclui a baía à sul da ponta de São Lourenço, a leste da Quinta do Lorde que vai até perto da Desertas e é muito importante, porque é que aqui que algumas espécies tem as suas crias e áreas de descanso e sociabilização importantes, que foram identificados pelos estudos que fomos fazendo ao longo dos anos. E estamos a falar em duas espécies em particular, a baleia piloto tropical e o golfinho roaz. São as duas espécies principais que suportam a actividade de Whale-watching, se estes grupos não tiverem estas áreas onde não sofrem a pressão das embarcações, para desenvolverem áreas críticas, como sejam alimentação, descanso e tudo mais, aí a pressão aumentaria muito mais e ao criar estas zonas de exclusão estamos a reduzir esse impacto. Garantindo, acreditámos nós, uma sustentabilidade da actividade a médio e longo prazo, por isso, a definição de áreas de operação, número de embarcações e uma zona de exclusão foram medidas de realçar e se converteram em portaria em pouco tempo".
Quanto ao impacto das artes de pesca nestas espécies, no caso do arquipélago não será necessário requisitar a restrição da pesca em determinadas epócas, "felizmente a pesca na região é bastante selectivas, isso também, é um dos resultados do nosso projecto científico, em que chegámos a conclusão em relação os nossos atuneiros, que as capturas acidentais do cetáceos é mínima ou inexistente, em dois anos de embarques não obtivemos dados de captura acidental. E apenas em 3% dos eventos de pesca é que houve interacção com os cetáceos que tenham causado problemas aos pescadores. Por isso, a relação entre estes animais e os pecadores é benigna e em parte graças ao facto das artes de pesca serem restrictivas e selectivas e também por causa do comportamento dos pescadores que tem vindo a melhorar substancialmente nos últimos anos, hoje em dia, eles tem outra sensibilidade".
Outra das conclusões deste estudo foi uma grande quantidade de lixo localizado ao longo de toda a ZEE da Madeira, foram 31 agregações que foram registados à superfície no alto mar, sendo que 65% do lixo encontrado é plástico. O impacto nas várias espécies de cetáceos, é de acordo com o responsável, "complicado de quantificar, porquê? Porque os animais podem morrer e nunca virem ter as nossas mãos. Agora, temos tidos sistematicamente e com bastante regularidade exemplos de animais observados no mar, ou que vão dar à terra mortos, que pereceram, devido aos lixos, sobretudo plásticos. Tivemos exemplos, em 1996 de um golfinho, no Porto Moniz, que morreu de fome porque tinha o estomago cheio de plásticos, não podia comer alimentos. Tinha a boca e o esofâgo cheio de peixe, mas não os conseguia digerir por causa do plástico. Houve interacções com uma cria de cachalote com sacos de plástico, observado na Desertas, encontrámos tartarugas com cabos amarrados, tivemos uma baleia anã que deu à costa com estômago, também cheio de plástico. Foram avistados animais vivos com anzóis e linhas de pesca presas ao corpo e a equipa com sucesso chegou a salvar um desses animais. Ao longo dos anos há um conjunto de exemplos de animais com barbatanas feridas, ou cortadas, que ingeriram sacos de plástico pequenos, por isso, é a ponta do iceberg, mas a verdade é que quando andámos pelo nosso mar, consegue-se contabilizar o número de lixo na água, é verdade que é muito menor que outras zonas costeiras europeias, mesmo assim para uma área do Atlântico é muito lixo. Uma parte é de cá e o restante é de outras proveniências, porque não podemos esquecer que se trata de um problema global. As correntes pegam nestes lixos, muitos deles são flutuantes e são transportados pelos oceanos, aliás, existe uma ilha gigantesca de lixo no Pacífico. Tudo isto tem impactos, que sabemos que são potencialmente sérios, mas não conseguimos saber em termos dos animais mortos, porque não sabemos disso".
Indirectamente o impacto do lixo no mar poderá atingir os peixes de que estes animais se alimentam. Contudo, "não temos essa relação, porque não os estudámos, mas já vimos peixes com plásticos presos ao corpo. Sabemos que o plástico tende a se degradar e torna-se em partículas mais pequenas que podem ser digeridas por peixes, cetáceos e tartarugas. Os químicos que fazem parte desses lixos podem matar os peixes. O que fizemos foi um mapameanto de lixos à superíficie para termos uma ideia, para podermos monitorizar e acompanhar o movimento desses mesmos detritos. Neste momento, temos uma primeira referência e daqui à 5,6 anos temos de ter uma segunda referência, temos de comparar perímetros, porque se não soubermos o que num determinado momento existia para depois ir comparando, não se consegue definir essas tendências. Isto é um trabalho de médio e longo prazo".
A diminuição da poluição do mar "é uma responsabilidade partilhada por toda a gente. É difícil dizer quem contribui mais ou menos, a legislação obriga as embarcações a trazerem o seu lixo para terra colocado em contentores próprios, evitando ser jogado ao mar, quer sejam, barcos de pesca, os navios de cruzeiro, de carga e tudo mais. É verdade que é isso não é respeitado a 100% em particular nas embarcações mais pequenas. Mas, o lixo também é lançado para as ribeiras, nas ribanceiras. É verdade que tem vindo a diminuir, o plástico que é deixado na rua e vem o vento e pega é também lançado para o mar, porque vivemos numa ilha. A nossa contribuição tendencialmente vai terminar no oceano. A verdade é que temos prácticas de dezenas anos que se acumularam e para isso temos de enquadrar no contexto Atlântico, temos lixo nosso, mas também de outras partes. A verdade é que em termos globais existe uma consciência maior em termos desta temática dos lixos. A questão do plástico é de um século, porque é recente, mas é um processo acumulativo, porque leva centenas de anos a degradar-se, vai levar centenas de anos a desaparecer se continuarmos a deitar lixo para o mar. Nós, os cientistas, ainda não sabemos o seu impacto ao nível dos ecossistemas e cadeias alimentares, eu diria que não conseguimos quantificá-los verdadeiramente".